Думаю вряд ли Вы красили по штукатурке (так практически, не делается), под покраску чаще всего шпаклюют по штукатурке и шпаклёвки финишные, скорей всего она (финишная шпаклёвка) и повреждена.
Наждачной бумагой снимаем слой краски на месте вмятины..
Грунтуем с просушкой.
Накладываем новый слой финишной шпаклёвки, заподлицо с поверхностью (тут будьте внимательны, финишные шпаклёвки это слой до 3-х мм, если вмятина глубже, то лучше использовать стартовую шпаклёвку).
Далее покраска той же краской что и красился потолок.
Шпаклевать по краске не получится, так что тут нужен полный комплекс работ.
Второй вариант задекорировать, если это к месту.
Тут уже смотрите где именно эти вмятины, если в районе люстры, то можно приобрести потолочную розетку
(например полиуретановую, сажается на клей, вес не значительный, в отличии от гипсовой лепнины, краску только зашкурьте для лучшей адгезии).
Вообще лепнина на потолок, это не только потолочные розетки, но и различные молдинги, угловые элементы и.т.п, всё это скроет вмятины.