Вообще стояк через перекрытия должен проходить по всем правилам, с учётом норм и требований описанных в СНиПах.
То есть в наличии должна быть и "гильза" и набивка между трубой и гильзой, надо выдерживать расстояние между чистовым полом и той самой "гильзой" и.т.п.
Это на 100% информация для сантехников, то есть они должны это знать и главное уметь это делать.
Стяжечники, отделочники, штукатуры и.т.д, все эти сантехнические тонкости или не знают, или не обязаны знать, это не их работа.
То есть однозначно заделывать отверстия должны сантехники которые и меняют Вам трубы (не важно какие это стояки, канализация, ГВС, ХВС).
Но на практике всё иначе (особенно если замену стояков делают слесаря из УК, а не сантехники приглашённые со стороны), и договариваться кто будет заделывать отверстия надо заранее.
В списке материалов (перед покупкой) для замены стояков должны быть не только трубы и фитинги, но и материалы для заделки отверстий, герметик, пена, пакля, цемент, песок и.т.д.
Потолок соседям снизу и пол соседям сверху заделывает инициатор замены стояков.
Например Вы меняете стояки у себя в квартире и договорились с соседями о том что врежетесь в их стояки.
По окончании всех работ по замене стояков, Вы или должны оплатить заделку отверстий (потолок-стена) у соседей, или заделать их самостоятельно.
Вывод:
Отверстия в стене и потолке после замены стояков, это на половину выполненная работа, эти же сантехники должны заделывать отверстия с соблюдением всех норм и правил.