В общем-то некие кардинальные изменения не нужны.
При покупке унитаза с верхней подводкой, Вы должны были ориентироваться на угол захода горловины унитаза в канализацию (это может быть прямой, или косой угол), а так же на высоту унитаза.
То есть важно без всяких гофр и эксцентриков, напрямую подогнать унитаз к канализационной трубе.
А снизу подводка, или сбоку верхняя, это менее важный момент.
У нового унитаза с верхней боковой подачей, своя запорная и сливная арматура.
Под нижнюю подводку своя, но общий кран подачи воды и шланг гибкой подводки.
Кран можно не менять.
Но в начале определитесь с какой стороны будет верхняя подводка, вариантов 2, вот пример
на фото.
Подводка левая, или правая, отверстие которое не используется глушится декоративной заглушкой из комплекта.
От крана к бачку унитаза чаще идёт шланг гибкой подводки "мама-мама".
Реже металлопластиковая труба.
Если труба, то просто покупаем трубу длинней на высоту бачка унитаза.
Или удлиняем имеющуюся через муфты для металлопласта.
Если это шланг гибкой подводки, то и тут вариантов 2, под нижнюю подводку он короче чем под верхнюю боковую.
Я у себя не менял шланг на новый более длинный, в комплекте нового унитаза был шланг, но короткий.
Нарастил (удлинил) шланги "мама-мама" вот через такой ниппель
(бочонок) "папа-папа", в гайках шланга прокладки, так что и дополнительная подмотка фум-лентой не нужна.
Всё, меняется длина шланга, больше ни чего не переделывается.
Если конечно место установки крана подачи воды в унитаз, устраивает, если нет переставляем кран подачи, или левей, или правей.