При любом ремонте сразу нужно заменить все коммуникации, а затем делать отделочные работы.
При замене труб канализации придется расширить отверстие в межэтажном перекрытии, чтобы демонтировать старые трубы.
Стяжка пола будет повреждена.
Так что сразу трубы, потом стяжка.
