Менять сразу все окна в квартире конечно лучше, точней удобней, поменяли окна и далее уже занимаетесь ремонтом во всей квартире.
Растягивать замену окна (разбивать на этапы) не совсем правильно, если одновременно с заменой окон и производятся ремонтные работы во всей квартире.
Но полная замена окон сразу, это большая нагрузка на семейный бюджет, то есть дорого.
Поэтому можно менять и поэтапно ничего страшного в этом нет.
Хотя, учитывайте, при замене сразу всех окон получите не плохую скидку, так как объем заказа внушительный.
Плюс окна можно менять и зимой (используется так называемая "зимняя" монтажная пена) зимой ещё дешевле получится.
А из личного опыта могу добавить, менял окна поэтапно (материально сразу замену всех окон не потянули).
Окна в моей квартире выходят на разные стороны, в первую очередь поменяли окно выходящее на центральную улицу.
Установили окно с вот таким
двухкамерным стеклопакетом, шум с улицы главная причина.
Отличие двухкамерного стеклопакета от однокамерного заключается в количестве стекло.
У меня их три и разделяются они двумя дистанционными рамками (в однокамерных стеклопакетах одна дистанционная рамка).
Окно с таким стеклопакетом дороже, да и фурнитура используется другая, так как вес стеклопакета значительный (в сравнении с однокамерным).
Окна в других комнатах меняли примерно через год и никакого дискомфорта в течении этого года не испытывали.
Конечно же при замене "обычного" деревянного окна на окно со стеклопакетом может измениться микроклимат в помещении, поэтому сразу же советую устанавливать окно с оконным вентиляционным клапаном, это ещё дороже, но это того стоит.
Ещё лучше установить деревянное окно со стеклопакетом, рама изготавливается из клееного бруса, единственный минус, "евро-окно" значительно дороже окна ПВХ со стеклопакетом.


Любая фирма заинтересована в большом объеме заказа, то есть им материально выгодно поменять сразу все окна больше заработают.
Но в данном случае, делайте как Вам удобно, если материально не тянете замену всех окон сразу, меняйте по одному и нет ничего в этом критически страшного.
Если эта компания не заинтересована в замене одного окна, обратитесь к их конкурентам.