Фанера, это материал изготовленный из склеенного между собой шпона.
То есть "шлифануть" для того чтобы убрать тот самый перепад не получится, тем более если речь идёт о значительном перепаде.
В качестве лаг используются древесина и чаще хвойных пород.
Лес должен быть сухим, иначе его "поведёт", сами лаги ровными без изгибов.
Устанавливаются лаги с определённым шагом, шаг зависит от толщины фанеры и от нагрузки на пол в целом, в среднем это 40-50 см (у стены чуть меньше).
Лаги устанавливаются вот таким образом
по уровню, если есть в руках уровень, то перепада не должно быть по определению, перепад по высоте, это ошибка при монтаже лаг.
На финише могут использоваться различные материалы, то есть фанера, это основа.
Если решили просто покрасить полы, то тем более ни о каком допуске по высоте не может идти и речи, лаги выставляются в ноль.
Можно под лаги установить специальные подкладки чтобы выставить их в одном уровне.
При желании можно на фанеру и кафельную плитку уложить после определённой подготовки.
Если это Ваш случай, то в принципе перепад в 2-3 мм допустим, отыграете этот перепад толщиной клеевого слоя под плиткой.
Хотя и в этом случае лучше когда фанера уложена в одном уровне, клей наносится на поверхность гребёнкой, слой равномерный.
Если на пол в качестве финишного покрытия укладывается ламинат, линолеум, паркетная доска и.т.п, то перепады по высоте не допустимы, поверхность должна быть ровной, прочной (жёсткой).