Затрата газа будет точно такой же что и до укладки плитки вторым слоем.
Тёплые водяные полы относятся к низкотемпературной системе отопления.
То есть тёплый водяной пол дополнительный источник обогрева помещения, не основной, основной, это радиаторы.
Другими словами, газовый котёл может нагревать температуру теплоносителя и до 90 градусов и даже более, а вот в контуре тёплых полов температура теплоносителя не должна превышать отметку в 45 градусов (и ниже).
Для этого в систему устанавливается вот такой
трёх-ходовой клапан.
Температура теплоносителя в радиаторах отопления и в контуре тёплых полов разная.
При помощи этого клапан горячий теплоноситель из котла смешивается с теплоносителем (вода, как правило) из обратки.
И более того, напольная плитка разная не только по площади (формату) плитки, но и по толщине.
То есть одна плитка может быть толще 2, это никак не влияет на расход газа.
На длительность нагрева тёплых водяных полов влияние лишь косвенное.
Повышенный расход газа может быть связан с иными причинами:
В помещении где уложены тёплые водяные полы недостаточное количество секций радиаторов.
В помещении холодно, или помещение не утеплено.
Низкие температуры на улице.
Под водяной тёплый пол не уложен изолирующий материал, тепло уходит вниз нагревая к примеру плиту перекрытия, а не прогревая стяжку над трубами.
Возможно первый слой кафельной плитки уложен не по уровню, перед укладкой 2 слоя Вы выравнивали полы стяжкой и не снимали старую плитку (вариант не лучший, но рабочий).
Чем толще стяжка над тёплым полом, тем дольше он нагревается.
Или же выравнивали поверхность лишней толщиной плиточного клея.
Если поверхность ровная, тёплый пол уложен правильно, плитку вторым слоем укладывали под гребёнку (минимально возможный слой плиточного клея), то расход газа не увеличится только из-за плитки.
Если конечно тёплый водяной пол не является единственным источником отопления, то есть помимо тёплых полов есть ещё и радиаторы.


Пыли и грязи быть не должно, будет только мусор.
Вы же демонтируйте только плитку, а не плитку со стяжкой.
Я сбивал старую плитку в ручном режиме (зубило и молоток) без электроинструмента, пыли и грязи нет.