Сразу же отмечу, работал в квартирах в которых тех самых вентиляционных отверстий было даже больше двух.
Если в старом доме два вентиляционных отверстия на кухне, то второе может быть дымоходом.
То есть была установлена дымоходная газовая колонка (она же проточный газовый водонагреватель).
В таких домах центральным было только отопления, а горячее водоснабжение индивидуальным.
Проточный газовый водонагреватель мог быть установлен не только на кухне, но и в ванной комнате, а точней в совмещённом Санузле.
Видимо в Вашем случае колонка была установлена на кухне.
Если пользователь отказывался от такого типа водонагревателя, например в пользу бездымоходной (турбированой) газовой колонки, или накопительного электрического водонагревателя, то отверстие оставалось не задействованным.
Но есть и другие варианты:
Например в доме старой постройки площадь помещения, да и его объем (потолки низкие) были недостаточными для качественной вентиляции в помещении и с установленными там газовыми приборами.
В этом случае вентиляцию "усиливали".
А возможно ранее на этом месте был установлен газовый котел и это дымоход под него.
То есть очень старый дом (многоквартирный) без центрального отопления.
Есть серии домов (возводились ещё до Хрущевок) где горячее водоснабжение организовывалось при помощи дровяного титана, титан устанавливали в Санузле (дома с ним сдавали).
Чуть позже дом газифицировали (капитальный ремонт) и на кухне устанавливали газовую колонку, второе отверстие и в этом случае, это дымоход.


Лучше оставить, это отверстие (вентиляционное) можно использовать при подключении и установки вытяжки над газовой плитой.
Если вытяжки не будет, то всё равно вентиляционное отверстие лучше не закладывать.
Если ранее подключалась газовая колонка, то отверстие может быть круглым, а не квадратным, или прямоугольным, но можно приобрести вот такую круглую вентиляционную решетку.
И ещё, если меняли окна в квартире на окна со стеклопакетом, то тем более второе отверстие закладывать нельзя.
Такие окна практически герметичны и вентиляции нужно уделить особое внимание, ещё лучше установить в окно вентиляционный (приточный) клапан.
И так же уделите внимание (если двери менялись) двери на кухне, между дверным полотном и полом должен быть вентиляционный зазор.