Ничего страшного не будет. В исправном бойлере заводского изготовления обычно стоит датчик, который не позволит включиться бойлеру в случае отсутствия воды. Если же это какая-то самодельная конструкция, то у вас попросту сгорит ТЭН и этим всё закончится. Почувствуете неприятный запах, да и то не факт, ведь бак бойлера обычно герметичен.
