На мой взгляд, если все сделать изначально правильно, то никаких щелей меду первым венцом и фундаментом просто не должно быть.
Основание (верхняя, горизонтальная, часть фундамента на которое укладывается первый венец должно быть ровным.
Нижнее бревно можно, при необходимости стесать чтобы прилегание было полным.
В обязательном порядке фундамент от первого венца должен быть отделен.
Для этого используется гидроизоляция и чаще рулонная и причем, гидроизоляция укладывается не в один слой, а два-три.
И ещё, между фундаментом и первым венцом укладывается так называемая "подкладочная" доска (она же, "подкладная") из древесины лиственных пород (важный момент)
Та самая доска первая, вместо первого венца, принимает на себя "удар", сгниет она если проще, а не венец и её легко заменить.
И плюс, та самая "прокладка" в виде доски может "отыграть" небольшие неровности фундамента.
Подкладочная доска, должна быть в обязательном порядке обработана антисептическими пропитками, а ещё лучше использовать огне-биозащитную пропитку, в её составе есть антипирены.
И не спешите заделывать щели, раз они уже появились, деревянные строения в течении нескольких лет дают усадку.
Но если так получилось (есть щели), то заделать их можно и монтажной пеной, это не лучший вариант, но самый простой.
Перед нанесением пены поверхность увлажняется, но не сильно (без фанатизма), пена задувается в щели, затем просушка и подрезка.
Но монтажная пена разрушается под воздействием солнечных лучей (УФ-излучение) и поэтому сверху на пену (после просушки и подрезки) наносится шпаклёвка, как вариант).
Ещё щели можно заполнить цементно-песчаным раствором, вариант рабочий, но трудоемкий, и не забудьте песок просеять, а цемент лучше брать марки "М-400" и не ниже.
Так же щели можно заполнить тем же материалом который используется для конопатки сруба, пакля, джут и даже мох.
Но на мой взгляд, самый лучший вариант, это вот такой
акриловый герметик для дерева "Torven".
Есть выбор по цвету и плюс, акриловый герметик (в отличие от силиконового) можно окрашивать, при необходимости.
Герметик сохраняет эластичность даже после высыхания, это важно так как древесина "подвижна".
Может наноситься, не только на деревянную поверхность , но и на бетонную (Ваш случай, фундамент-первый венец).