Рубероид, это не что иное, как гидроизоляция пола, под Вашей старой стяжкой.
Причём довольно не плохая гидроизоляция.
Смысла убирать рубероид нет, но всё на Ваше усмотрение.
Бывают случаи когда человек хочет быть уверенным во всём и всё сделать именно так как планировал.
Не забывайте об одном, если снимите рубероид, то придётся делать новую гидроизоляцию и только потом стяжку.
Что касается вопроса о том как сделать стяжку, то всё, как говорится по " старой схеме".
Убираем старое покрытие с пола (линолеум, паркет и так далее).
Очищаем пол от пыли.
Грунтуем пол (это я описываю процесс без гидроизоляции, исхожу из того что рубероид Вы оставили).
Теперь необходимо выставить маяки. Можно из того же раствора с добавлением алебастра, но лично я чаще всего использую, или рейки, или профиля, так мне удобней.
"Пробиваем" полы уровнем, получаем первичную информацию об уровне пола и толщине будущей стяжки, может её вообще целесообразно не делать.
Далее, выставляем бруски по уровню, шаг между брусками выбираем произвольный, как Вам будет удобно заливать раствор.
Обычно это 60-80 см.
Уровнем пробиваем и поперёк и вдоль.
Ну а дальше готовим раствор обычно 1 к 3, или 4-м тут уже от марки цемента всё зависит.
В общем-то всё, залили часть стяжки, протянули "правИлом", переставили маяки, затем следующая часть стяжки.
При желании можно вместо цементного раствора использовать самовыравнивающиеся смеси,
иногда это удобно, ибо не надо давать большой слой и не надо возиться с маяками.