В багажник вода может попадать через вырезы для фар.
Естественно эту возможность исключить применением специальных средств или силикона. Вода также может попадать при смещении двери багажника , тогда ее надо отрегулировать. Может испортился уплотнитель, тогда его надо сменить. И последнее, если машина была в аварии, то может потребоваться рихтовка и восстановление конфигурации багажника.