В начале хотелось бы отметить несколько важных моментов.
Прочность всей конструкции достигается не за счёт качественной шпаклёвки стыков (Вы об этом пишите), а за счёт правильного монтажа ДСП на пол.
То есть стыки только на лагах, правильный шаг саморезов при креплении ДСП к лагам, подходящая толщина ДСП с учётом финишного покрытия, правильный монтаж в том числе и шаг, самих лаг и так далее.
В случае крепления на бетонные полы, правильная подготовка основания, оно должно быть ровным и прочным.
Ещё из важного, если заказчик (в данном случае, Вы) начал переживать за какой-то момент, или узел, или этап при работе, то лучше сразу уделить этому моменту повышенное внимание, пробовать изменить подход.
Купите вот такой шпунтованный ДСП,
проблема которая Вас беспокоит уйдёт сама собой, соединение "папа" "мама" (шип, паз), при желании, хотя это не обязательная процедура, стыки промазываются клеем ПВА и всё Ваше беспокойство останется в прошлом.
Мало того, шпунтованное ДСП влагостойкое, что так же плюс при укладке на полы.
Если работает "по старинке", то вариантов с выбором шпаклёвки для ДСП масса, "народный метод", клей ПВА с опилками, нет плохой вариант.
Далее, эпоксидная шпаклёвка, акриловая, полиэфирная шпаклёвка, масляно-клеевая.
Любую из них покупайте и шпаклюйте стыки.
Но я бы посоветовал латексную шпаклёвку,
она эластичная, прочная, легко наносится на поверхность.
Но перед тем как шпаклевать ДСП (стыки) необходимо загрунтовать, это пункт нельзя пропускать категорически.