В общем-то не только можно, но и нужно.
Дело в том что в разных помещениях квартиры на линолеум разная нагрузка.
К примеру в коридоре лучше класть линолеум с повышенным сопротивлением к истираемости.
В детскую комнату натуральный линолеум, во влажные помещения релин-линолеум.
На кухню линолеум устойчивый к различным чистящим и моющим средствам.
Так же учитывайте и толщину линолеума для различных помещений.
Что касается стыковки, то наверное речь идёт о стыковке линолеума уложенного в разных помещениях под дверьми не имеющих порога (с порогом эта проблема отпадает).
В продаже есть огромное количество различных "порожков" (декоративных планок, переходов, это ещё одни названия этих изделий).
Как крепить понятно интуитивно, материал изготовления:
Металл.
Пластик.
Есть резиновые порожки.
Есть МДФ, дерево, пробка и.т.д.
Порожки есть прямые, переходные (это когда высота покрытий разная) угловые и.т.д.
Что касается комбинации, то смотрите уже по ходу, в общем-то проблем не должно возникнуть, помещения же разные и если линолеум к примеру одного цвета, но разного оттенка, это вполне нормальное явление.
Линолеум не под линолеум подбирают, а под общий интерьер помещения.