Возьмите клей ПВА, желательно профессиональный и бесцветный.
Настругайте мелких опилок из таких же сортов древесины, как и основной массив, например , для сосны - сосновые, а для ели - еловые.
Чем мельче стружка - тем незаметнее будет заделываемый шов или отверстие.
Размешайте тщательно, дайте пропитаться, но не забывайте о том, что ПВА сохнет быстро..
Предварительно разделайте поверхность и прогрунтуйте её тем же клеем ПВА.
Нанесите полученную смесь.
Дождитесь полного высыхания (как правило - не менее суток)и обработайте наждачной бумагой нужной зернистости.
Если необходимо, то можно и полировать.