Причин довольно много, но в начале нужно определиться как именно подключался унитаз к канализации.
Через гофру, эксцентрик (эксцентриковую манжету), жёсткое подключение с использованием "колена", или куска канализационной трубы.
Или же выпуск унитаза вставлялся напрямую в раструб тройника.
Далее нужно определиться какая это канализационная труба (тройник) чугунная, или пластиковая.
Если тройник чугунный и горловина унитаза напрямую вставляется в раструб, то возможно Вы не использовали специальную резиновую манжету под унитаз.
Или же манжета есть, но не качественно отчистили раструб тройника перед установкой манжеты, между выпуском и стенками раструба есть щели, отсюда и запах.
Манжета вот таким образом
промазывается герметиком, причём герметик наносится и перед установкой манжеты и после.
Герметик надёжно "запечатывает" все запахи канализации.
Несколько раз сталкивался с ситуацией при которой пользователи вместо манжеты, заделывали раствором выпуск унитаза в раструбе, в раствор добавляли жидкое стекло.
Такое подключение унитаза к канализации не исключает проникновения запахов канализации в помещение.
Удалите этот раствор и установите манжету.
Возможно подключали унитаз через гофру, гофра повреждена, или же она сползла с горловины, я обычно гофру дополнительно фиксирую герметиком.
И в случае гофры в раструб чугунного тройника вставляется манжета.
Возможно купили унитаз не ст тем выпуском, к примеру был косой выпуск, новый унитаз с прямым выпуском.
Горловина унитаза не совпадает с раструбом тройника.
В этом случае нужно или менять унитаз, или подключать его через гофру.
Возможно унитаз не жёстко зафиксирован к полу, он шатается, отсюда и проблема.
Тут могу посоветовать дополнительно (это помимо штатного крепежа) установить унитаз на герметик.
Перекрываем воду, сливаем воду из бачка.
Откручиваем болты крепления унитаза к полу, но в начале очерчиваем контур "подошвы" унитаза.
Далее убираем пыль с пола, если плитка, то обезжириваем её, наносим герметик на пол, устанавливаем унитаз и закручиваем болты на место.
После просушки герметика, унитазом можно пользоваться.