Тут надо определиться, вам эту очистку надо быстро сделать или пойдёт более длительный срок?
Давайте с этого и начнём.
Если промыть систему отопления от ржавчины надо быстро, тогда придётся сливать 5-6 объёмов всей системы отопления, плюс ко всему прочему это может быть и опасно не только для самой системы, так и для человека.
Отвлекусь от промывки, вы пишите, что в системе вода, а значит ржаветь будет всегда и тут уже вопрос в том, насколько тщательно вы хотите её промыть.
Чтобы это сделать быстро, надо хорошо поднять температуру и потом её понизить до градусов 50. Не знаю, как устроена ваша система отопления, но придётся на нижней точке сливать воду, а на верхней её тут же добавлять.
Полностью сливать воду нельзя!
Но я бы рекомендовал не торопиться, а врезать в систему фильтр с отстойником, они разные бывают, вот например:
Ну есть и более простые.
Но главное, нужны с магнитом, чтобы задерживать ржавчину в фильтре, кстати видел у одного самоделкина, он вокруг стакан магнитами обложил.
Что нужно делать, да в общем особо мало чего, время от времени очищать грязесборник и магнит.
Таким образом вы получите постоянную очистку и ржавчина (да вся грязь) будет собираться в одном месте и постоянно.
А вот что не рекомендую делать - это при очистки поднимать давление в системе и ставить проточную воду.
В первом случае это может вызвать проблемы и поломку, а во втором смысла не будет, так как поток воды не очистит систему, только разве поверхностно.