Я обычно покупаю новый крепеж, если имеющийся не подходит.
И не важно с чем Вы не угадали (ошиблись), с его диаметром, или длиной.
Сантехнический шуруп (он же болт, так как в наличие шестигранная головка под ключ) может закручиваться как в дюбель (чаще распорный) так и в древесину напрямую без дюбеля (но предварительно нужно просверлить отверстие меньше диаметра стержня "Глухаря").
Со стороны головки "Глухарь" не укорачивается, остается только острая заходная часть с "накатанной" резьбой (резьба с крупным шагом).
Если её срезать, то закрутить "Глухарь" в древесину будет гораздо сложней, плюс, древесина может просто треснуть (диаметр заходной части чуть меньше).
Если отрезанный шуруп закручивать в дюбель,то велика вероятность что дюбель провернется вокруг своей оси.
Если не"колхозить", то сантехнические шурупы не укорачиваются, а покупаются новые.
Так как качество такого соединения будет ненадежным и особенно если соединяются между собой деревянные элементы.
"Глухарь" по ходу закручивания в древесину нарезает в ней внутреннюю резьбу, если не будет острой заходной части меньшего диаметра, то и резьба будет ненадежной.


Никак (см. выше) это неправильно.
Но если решили, то убедитесь что дело именно в длине шурупа, у меня унитаз-компакт крепится к полу штатным крепежом, в комплекте есть и глухари (два), вот фото
такого крепежа, для наглядности.
Возможно Вы просверлили отверстия под дюбеля недостаточной глубины, извлекаем дюбель и углубляем отверстия, не нужно подрезать сантехнический шуруп.
Если не угадали с длиной крепежа, то зажимаем шуруп в тисках, можно через дощечки (бруски).
Далее нужна УШМ (болгарка) и отрезной круг (диск) по металлу к ней, круг толщиной 1,5-1,6 мм, больше не нужно.
Определяемся с длиной шурпа, делаем разметку.
Рез можно сделать под углом, например в 45 градусов, хотя и это неправильно, Вы срезаете резьбу в любом случае.
Если нет УШМ, то первоначальные действия те же (зажимаем шуруп в тиски, размечаем) далее укорачиваем его при помощи ножовки по металлу.
Ножовкой совершаем возвратно-поступательные движения (назад, вперёд).
Все, пробуем закрутить в дюбель, или в древесину укороченный "Глухарь".