Фанера, это листовой материал который изготавливается из шпона склеенного между собой.
Шпон, это тонкий срез древесины.
То есть Вам нужно учитывать, что перед Вами древесина которая под воздействием внешних фактором может изменяться в размере.
Если использовать шпаклёвку, то шпаклёвка должна быть эластичной и причём нужна шпаклёвка по дереву.
Я заделывал швы шпаклёвкой "ВГТ Экстра", это эластичная шпаклёвка и она практически не даёт усадку.
И плюс это влагостойкая шпаклёвка, есть выбор по цвету шпаклёвки.
В принципе, можно использовать и герметики для заделки швов, подойдёт и акриловый и силиконовый герметик.
Но тут важно учитывать, если фанера готовится под покраску, то лучше использовать шпаклёвку, а не герметики и тем более силиконовые (на силикон краска не ляжет).
Фанера на потолке, это не финишный слой чаще всего, это основа под дальнейшую отделку, то есть перед заделкой швов нужно определиться, какая финишная отделка будет использоваться.
К примеру если будете клеить потолочную плитку на фанеру, швы заделать можно и герметиком, под плиткой швы не видны.
Швы между листами можно заделать и эпоксидной шпаклёвкой, тоже вариант вполне рабочий.
Так же важно учитывать ширину швов, если это сильно широкий шов, то в ту же эпоксидную шпаклёвку можно добавить опилки.
Можно использовать вот такую
эластичную (сохраняет эластичность даже после высыхания) полимерную шпаклёвку по дереву, это готовая к использованию шпаклёвка.
Если остановитесь на шпаклёвки, то после просушки требуется шлифовка.