Эти материалы не конкурируют между собой.
Водоэмульсионная краска, это финишное покрытие, а гипсокартон, промежуточное.
Гипсокартон, это сухая штукатурка выравнивающая поверхность, водоэмульсионная краска поверхность не выравнивает.
То есть, если у Вас ровные потолки, то гипсокартон там вообще не нужен, просто покрасьте их водоэмульсионной краской и всё на этом.
Если потолки не ровные, то водоэмульсионная краска их и не выровняет, нужен гипсокартон что называется "по умолчанию".
Если всё же не может принять решение, то советую выровнять потолки гипсокартоном, затем зашпаклевать финишной шпаклёвкой и покрасить их водоэмульсионной краской.
Красить лучше валиком, вот фото (для наглядности),
покраска зашпаклёванного гипсокартона, водоэмульсионной краской.
Получается Вы будете использовать и то и это.
Если под словом "водоэмульсионка" имелось в виду выравнивание потолков шпаклёвкой и дальше покраска, то такой вариант лучше, если потолки почти ровный.
Гипсокартон (каркас под ним) опустит потолки, сделав помещение ниже.
Шпаклёвка тоже опустит, но меньше.