Делается это с помощью домкратов.
Хорошо если сруб сделан из бруса (бревна, опиленного с четырех сторон). Тогда это дело не очень большой сложности. Но если сруб строений из круглых бревен, тогда это очень сложно. Обычно в помещении вскрывают полы и пробивают сруб рельсами (то есть целые бревна нужно поставить на рельсы). Тогда уже можно приступать к замене сгнивших бревен.
Хорошо еще на фундамент или на подливку( смотря на чем стоит сруб) подложить толь - срок службы нижних бревен или брусьев намного увеличивается.
Но если сруб не на фундаменте и не подлитый, а стоит сразу на земле( и такое бывает), то делать этого не нужно. Бревна на земле должны "дышать". Можно просто сделать "завалинки": прибить небольшой прямоугольный короб по всей длине стены и заполнить опилками. Сверху закрыть доской. Завалинки тоже оббить толью, так они дольше не гниют.