Я так понял речь о шпунтованной половой доске, то есть в наличии замковое соединение шип-паз.
В этом случае гвозди забиваются, под углом в 45-ь градусов, или в шип (гребень), или в основание (последующая доска) паза.
Естественно гвозди через доску в половые лаги.
Но я бы посоветовал не просто сразу "загонять" гвозди в домку, а в начале делать отверстие диаметром чуть меньше "тела" гвоздя, в этом случае не сломаете тот самый шип, или паз.
Гвозди можно без шляпок.
А вообще лучше в начале примите решение, что будет на финише.
К примеру если полы будут краситься, то можно и напрямую через доску забивать гвозди, далее добойником
утапливаем головки, шпаклюем их и красим половой краской.
Есть и более продвинутые варианты крепления доски, к примеру при помощи кляймеров, или саморезов в торец.
Если речь о террасной доске, то точно только кляймеры.
Есть в продаже и специальные зажимы для крепления доски (не кляймеры).