Однозначный ответ дать сложно.
Дело в том что и гипсокартон и фанера могут быть разными.
Не экологичность гипсокартона больше связана с нарушением эксплуатации и с не добросовестным производителем, чаще всего это китайцы.
Не правильная эксплуатация ГКЛ:
Не влагостойкий гипсокартон установлен во влажном помещении, гипс сыреет, сырость любит грибок и плесень, плесень
наносит колоссальный вред организму.
При резке гипсокартона, гипсовая пыль может попасть в лёгкие, это не полезно для здоровья.
Гипс (сырьё) добывается в экологически не безопасных районах.
Как Вы уже поняли, если пройти мимо китайского ГКЛ и использовать нужный гипсокартон в нужном месте + попросить сертификат у продавцов = полная экологичность материала.
Фанера:
Это шпон древесины склеенный между собой.
Казалось бы всё хорошо, но в клее и проблема.
Фанера ФСФ (повышенной влагостойкости) шпон склеивается фенолоформальдегидными смолами, это вредно для здоровья, такая фанера не используется в жилых помещениях.
Ламинированная фанера, основа всё та же ФСФ + плёнка с двух сторон, это тоже с экологической точки зрения не безопасная фанера.
Фанера "ФК", в качестве клея используется карбамидная смола, на 100% такая фанера экологична, используется и в жилых помещениях в том числе, это влагостойкая фанера.
Есть ещё и бакелитовая фанера, тоже экологически безупречна шпон склеивается бакелитовой смолой.
Вывод:
Некоторые виды фанеры абсолютно экологичны, при правильном использовании не китайского ГКЛ это экологичный материал, победителей нет.