Один из минусов такого полового покрытия (линолеум) он не пропускает наружу не только влагу, но и воздух.
То есть, если влага уже попала под линолеум, она там и останется.
Влага и есть причина появления (образования) под линолеумом плесени.
А причины следующие:
Укладывали линолеум на стяжку, стяжку до конца не просушили, как итог под покрытием влага и далее грибок и плесень.
Полы не утеплены, или плохая гидроизоляция, влага проникает с подвального помещения.
Плохая вентиляция в помещениях и + низкие температуры (не достаточно качественное отопление).
Клали линолеум на деревянную поверхность, древесина (половая доска, фанера, лаги) были поражены грибком, Вы не провели антисептирование.
Возможно линолеум повреждён (например мебелью) на поверхности порывы, порезы, моете полы и влага попадает под линолеум.
Протечки труб водоснабжения, отопления, канализации.
Не качественная укладка линолеума.
Что делать зависит от ситуации, но в любом случае линолеум надо полностью снимать и после демонтажа, его лучше выкинуть, тем более если он повреждён.
Выносим всю мебель из помещения
Демонтируем плинтуса по периметру помещения.
Снимаем линолеум.
Скребком, металлическими щётками, или шпателями убираем очаги плесени (работаем в перчатках и защитной маске).
Я бы ещё посоветовал и стяжку демонтировать, хотя бы локально, на участках поражённых плесенью.
Грибок не на поверхности, он глубоко в стяжке.
Если основа под линолеум ДСП, фанера, то и их лучше демонтировать и выкинуть.
Далее убираем пыль и грязь.
Обрабатываем полы средством из серии "анти-плесень", вот не плохое "Лакра"
работает и по бетону и по дереву.
Средство наносится не только на полы, но и с заходом на стены (100-150 мм).
После просушки, грунтуем полы грунтовкой в составе которой есть специальные противогрибковые (антисептические) добавки.
Вот это в целом, но надо и от причины появления плесени избавиться.
То есть обратить внимание на систему вентиляции, на утепление строения, на систему отопления.
В помещениях не должно быть повышенной влажности.