Согласен, что это очень неприятная ситуация, когда не удаётся положить кровлю и оставлять готовую стропильную систему до лучших времён...но, что поделать, всякое в жизни случается. Поэтому советую перекрытия накрыть однозначно, ведь неизвестно какие осадки выпадут (зимы сейчас просто непредсказуемы). И если прольёт перекрытие тем же дождём или талой водой, то надёжности дому это не прибавит. Ну а если хочется защитить всю стропильную конструкцию, то можно использовать для этой цели старые баннеры, их по дешёвке можно найти в рекламных агенствах. Прибивать их лучше покрепче рейками, чтобы не оторвало ветром и самое главное хорошенько закрепить внизу, чтобы не создавалось парусности. Вот в таком варианте крыша, я думаю спокойно перезимует и в случае чего дом не зальёт нежданным дождём.