Как исправить перед покраской стен некачественную шпатлевку?

Тут сложно дать однозначный ответ.

Дело в том что не до конца понятно, Вы сами шпаклевали, или это кто-то делал со стороны?

Если сами, то уверенности в том что сможете затереть сеточкой (Вы об этом пишите) уже нет.

Это всё связано и шпаклевание и шлифовка, там не получилось, не факт что получится здесь.

Если кто-то делал, то в принципе оба Ваших варианта имеют право на жизнь, можно шлифануть и убрать бугры, можно выровнять шпаклёвкой что называется в сплошную.

Можно приобрести универсальную шпаклёвку, а не финишную, универсальная сможет выровнять даже глубокие ямы.

Обязательно перед нанесением шпаклёвки, пройдитесь по поверхности наждачной бумагой (поверхность должна быть шероховатой), далее убираем пыль.

Грунтовка, просушка и наносим выравнивающий слой.

Можно и армировать поверхность сеткой, тут уже надо видеть какие у Вас перепады, насколько всё страшно.

Что бы повторно не ошибиться, лучше работать с дополнительным светом,

Если совсем всё страшно, то можно и маяки выставить повторно, но тут уже надо чётко знать о какой шпаклёвки идёт речь, о каких стенах, какой слой уже прямо сейчас на стенах.

Так же важно знать как держится первый, базовый слой, стены грунтовали?

Если шпаклёвка на цементной основе, то лучше положить не дорогой кафель и забыть о проблемах на годы, тем более речь о котельной, лучше кафеля в таких местах ни чего не найти, да и не ровность стен кафель "не напрягает".

Поднесите очень близко к стене не очень сильную лампу и поводив ей по поверхности осмотрите стену; Пошлифуйте и посмотрите, что получится. При необходимости нанесите ещё один тонкий слой шпатлёвки. Но помните, краска проявляет дефекты. Поэтому поверхность, показавшаяся хорошо подготовленной, может оказаться недостаточно ровной и гладкой. Незначительные дефекты можно "подлечить" по первому (грунтовому) слою краски.