Если это отверстие (сквозное имеется в виду) под шплинт, то такие болты используются в конструкциях на которые могут воздействовать вибрационные и различные ударные нагрузки, или есть вероятность откручивания гайки (самораскручивание).
Или для быстрого крепления слабонагруженных конструкций.
Гайка, в таких конструкциях, стопорится шплинтом, который в свою очередь вставляется в то самое отверстия болта.
Машиностроение, строительство, транспорт, станкостроение и.т.д.
Если отверстие на головке (в головке) болта, то это отверстие под проволоку которая в него вставляется и далее пломба на финише.
То есть это в головке, отверстие под пломбу.
Есть ещё вот такие болты с отверстиями,
это откидной болт, так называемый болт быстрого крепежа.
Отверстие под карабины, скобы (такелажные работы), и даже для шплинтовой фиксации используется.
Отверстия и в стержнях болтов и в головках болтов, изготавливаются по определённым правилам, есть нормы, требования ГОСТ.