Почему появились жёлтые пятна на шпаклевке?

В целом, ничего страшного в данной ситуации нет. Основные причины появления пятен две:

1) проблема в стене

2) проблема в шпаклевке

Подобные пятна могли проступить если в стене проходят трубы или арматура. В данном случае необходимо поработать непосредственно с источником данных пятен. То есть блокировать распространение коррозии. Для этого снимите поврежденный слой шпаклевки и прогрунтуйте поверхность пару раз. Обязательно дождитесь полного высыхания и только после этого наносите новый слой шпаклевки. Если вы прям увидите проржавевшие куски арматуры, можно их покрасить масляной краской.

Если же стены в порядке, а пятна есть, вполне вероятно, что вы воспользовались некачественной шпаклёвкой или просто не придерживались рекомендаций производителя в процессе шпаклевания. Такие случаи тоже бывают. Можете попробовать снять пожелтевший слой шпаклевки и нанести новый слой шпаклевки того же производителя, но уже делая всё по инструкции и хорошенько просушивая эту шпаклёвку, вплоть до установки вентилятора, чтобы обдувал эту шпаклёвку.

Что касается серой краски, которую вы нанесли поверх желтизны, через некоторое время желтизна может проступить и через нее, но это зависит от типа краски, которую вы нанесли. Я бы не советовал так делать, нужно стараться убрать именно первопричину. То же касается и обоев, через них также со временем может проступить желтизна, если не убрать первопричину. Но как вариант, можно поклеить виниловые обои на флизелиновой основе. Не гарантирую, что краска не проступит, но всё же вероятность будет меньше, чем с бумажными обоями.

Чтобы ничего не менять на потолке, могу посоветовать покрыть его потолочной плиткой, будет очень красиво и надёжно.

Для стен еще один вариант, если желтизна только по ходу трубы, можно снять слой шпатлёвки и в это пространство положить гипсокартон и уже по нему наносить финишный слой шпаклёвки. Этот вариант подойдёт, если есть возможность утопить в стену лист гипсокартона.

потолочную плитку

По фото явно видно, что это последствия залива квартиры. Прежде чем приступать к ремонту необходимо удалить старый отделочный слой, потом обработать отбеливающим составом (протравить). Самый простой состав это раствор медного купороса. В настоящее время в продаже много и других растворов для протравки. Затем огрунтовать, прошпаклевать, еще раз огрунтовать и нанести отделочное покрытие.