Так бывает когда яма была сделана без дна для того чтобы "впитывало", но содержимое сточных вод "ил" плотным, толстым слоем залепило и вода перестала уходить. Кроме того когда яма без дна она еще и заполняется снизу размокшим, раскисшим грунтом, глиной. Если у вас яма одна без отстойника - так и будет, это произошло закономерно.
Есть вариант исправить ситуацию, дооборудовав канализацию дренажной системой. В этом случае первая яма, которая сейчас заиливается, будет исполнять роль отстойника. Вам ее нужно будет только промыть и откачать все лишнее. Желательно, если это не сделано, забетонировать дно.
Дренажная же система будет состоять из дополнительной ямы, куда будет переливаться отстоявшаяся вода, без илистых составляющих. Дно этой ямы засыпают щебнем. Бывает дренажную систему снабжают сетью горизонтальных каналов, заполненных щебнем. Это особенно актуально при высоком стоянии грунтовых вод.
Изображение описанной выше конструкции:
Вам нужно только узнать, разрешена ли такая конструкция в вашей местности (чаще всего да).